La estructuración de los contenidos refleja cada uno de los ejes que dan sentido a la Educación física en la enseñanza primaria: el desarrollo de las capacidades cognitivas, físicas, emocionales y relacionales vinculadas a la motricidad; la adquisición de formas sociales y culturales de la motricidad; y la educación en valores y la educación para la salud.
Desde este planteamiento, el área se ha estructurado en cinco bloques. El desarrollo de las capacidades vinculadas a la motricidad, se aborda prioritariamente en los tres primeros bloques, los bloques tercero y quinto se relacionan más directamente con la adquisición de formas culturales de la motricidad, mientras que la educación para la salud y la educación en valores tienen gran afinidad con los bloques cuarto y quinto, respectivamente.El bloque 1, El cuerpo imagen y percepción corresponde a los contenidos que permiten el desarrollo de las capacidades perceptivo-motrices. Está especialmente dirigido a adquirir un conocimiento y un control del propio cuerpo que resulta determinante tanto para el desarrollo de la propia imagen corporal como para la adquisición de posteriores aprendizajes motores.
El bloque 2, Habilidades motrices reúne aquellos contenidos que permiten al alumnado moverse con eficacia. Se verán implicadas por tanto adquisiciones relativas al dominio y control motor. Destacan los contenidos que facilitan la toma de decisiones para la adaptación del movimiento a nuevas situaciones.
En el bloque 3, Actividades físicas artístico-expresivas se hallan incorporados los contenidos dirigidos a fomentar la expresividad a través del cuerpo y el movimiento. La comunicación a través del lenguaje corporal se ha tenido también en cuenta en este bloque.
El bloque 4, Actividad física y salud está constituido por aquellos conocimientos necesarios para que la actividad física resulte saludable. Además, se incorporan contenidos para la adquisición de hábitos de actividad física a lo largo de la vida, como fuente de bienestar. La inclusión de un bloque que reúne los contenidos relativos a la salud corporal desde la perspectiva de la actividad física pretende enfatizar la necesaria adquisición de unos aprendizajes que obviamente se incluyen transversalmente en todos los bloques.
Finalmente, el bloque 5, Juegos y actividades deportivas, presenta contenidos relativos al juego y a las actividades deportivas entendidos como manifestaciones culturales de la motricidad humana. Independientemente de que el juego pueda ser utilizado como estrategia metodológica, también se hace necesaria su consideración como contenido por su valor antropológico y cultural. Por otro lado, la importancia que, en este tipo de contenidos, adquieren los aspectos de relación interpersonal hace destacable aquí la propuesta de actitudes dirigidas hacia la solidaridad, la cooperación y el respeto a las demás personas.
Los diferentes bloques, cuya finalidad no es otra que la de estructurar los conocimientos de la Educación física seleccionados para esta etapa educativa, presentan de forma integrada conceptos, procedimientos y actitudes. Cabe destacar que establecer una prioridad de contenidos en Educación física requiere respetar la doble polarización entre contenidos procedimentales y actitudinales. Los primeros permitirán a niños y niñas sentirse competentes en el plano motor. Los segundos les permitirán afrontar, desde una perspectiva ética, las numerosas y complejas situaciones que envuelven la actividad física y deportiva, así como las relativas a la cultura corporal. Por otra parte, la adquisición de conceptos, aun estando supeditada a los anteriores tipos de contenidos, facilitará la comprensión de la realidad corporal y del entorno físico y social.